同樣是C360段樁柱工程，IS18-P02.1橋墩樁柱因欠缺圖則無法施工。 （審計報告圖片）
在氹仔線C360分段工程中，編號IS18-P04橋墩出現問題，導致工期嚴重延誤。 （審計報告圖片）
審計署去年9月13日發表最新一份對輕軌系統的《專項審計報告》「輕軌系統——第四階段」統計顯示，不計算尚未有資料的三條走線，整個輕軌工程估計需要投入500億元，而且上不封頂，足足是當初規劃金額的十倍有餘。
審計署《專項審計報告》剖析輕軌工程預算暴增、工程延宕原因，指出輕軌氹仔線工程各分段曾多次獲批准延長工期，三個分段延期日數佔原施工日數竟然接近一倍，也就是說用了原定工期的兩倍時間才能完成。
與此同時，隨著輕軌規劃一變再變，預算也不斷增加。從2007年7月規劃的第一期（包含澳門與氹仔線）總成本42億元，到2009年增加為75億元，至2011 年又變為110.67億元。到了2016年，當局將輕軌系統重新劃分為短中遠期三階段，氹仔線與澳門線造價分開估算，據運建辦公開資料，光是氹仔線已經要花去108.23億元，而這只是輕軌系統11條走線中一條。報告統計，計算11條走線中八條已有估算的金額，不計其餘三條走線，總投資估算金額已達到500 億元。
工程進度一再延誤
審計署《專項審計報告》指出，造價無法估算，是因為工程進度不斷被延誤，而延誤原因則來自不理想的工作安排，源頭來自運建辦自身。
在氹仔線C360分段工程中，編號IS18-P04橋墩旁有一處門架式交通指示牌，阻礙打樁機械位置，而承建商竟然在工程預定完工日後的四個月，才向運建辦反映有關問題，又過了半年後，承建商才提出可變更方案，由較小的機械完成打樁工程。到樁柱真正完工，距離原定完工日期已過了一年半。《審計報告》指出，在該工程原定的期限內，15條樁柱沒有完成任何一條。
另一個案是氹仔口岸段23 號車站工程，由於施工位置與北安碼頭工程的工地辦公室位置出現衝突，導致延期近一年，但事實上在輕軌工程設計圖則上早已顯示有關問題，反映運建辦早已知悉有關衝突，並非突發事件，但未重視工程前期協調工作的重要性，直到開工後四個月才發文要求北安碼頭承建商遷離，而在場地上仍有工地辦公室的情況下，運建辦與承建商仍簽署動工筆錄移交場地，反映有關工作只是「行禮如儀」，如認真抓緊協調工作，有關延誤顯然是可以避免。
過去審計署多次發表報告，批評輕軌預算「失控」，包括2011年首次發表《輕軌系統第一階段》專項審計報告，2012年再次發表相關專項報告。雖然被審計報告再三批評，但是輕軌預算仍瘋狂飆升。
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