通關系統故障期間,各口岸均有人潮聚集,當局迅速啟動聯合應急機制,維持公共秩序。副消防總長吳家偉表示,消防局在接報後迅速啟動應變措施,安排一輛救護巴士及救護車在鴨涌河戒備,同時在黑沙環消防站、中央行動站、氹仔站及西灣站各戒備一組人員,以便發生事故時,可以迅速作出處理。在戒備期間,局方曾接報有人在關閘公廁前暈倒,但當人員到達現場時,有關人士已自行離開。
海關助理關長黃國松表示,事件發生後即時與治安警啟動聯合機制,互相配合下維持通關秩序,亦加強海上及沿岸巡邏工作,因要嚴防其他突發事件;在外港碼頭方面,亦與海事及水務局進行旅客分流機制,讓旅客分批辦理出入境手續,令碼頭保持秩序良好。