在司警公布經電腦法證技術確定路環碼頭倒掛國旗的照片非移花接木而成，已排除刑事成分及案件已歸檔的消息不到半小時內。海關隨即發出新聞稿稱，在證實路環碼頭不當懸掛國旗是於早前發生，為此，海關已開立紀律程序調查。海關對於本月4日當天，在未有充分查證路環碼頭國旗倒掛事件的情況下，向上級及媒體提供了錯誤訊息，引起誤會，深感歉疚。
海關又指會汲取事件的深刻教訓，已加強工作指引及監督措施，進一步強化內部培訓，提升人員的紀律及責任意識，以免同類事件再次發生。同時，已開立內部紀律程序進行調查，對涉事人員作出嚴肅處理。在紀律程序完成後，海關會盡快對外公佈結果。
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