大三巴牌坊的前身為聖保祿學院，作為本澳的地標，然而在大三巴牌坊地下埋藏的遺骨，引起不少遊客的猜測。其實在天主教的傳統裡，教堂不但是聚集教徒們的神聖場所，也具有墓葬的功能。由於教堂被視為接近神的地方，因此教徒一般是環繞教堂安葬，但若果那人是神職人員或社會權貴，他的遺體或骨髑可獲安葬在教堂裡。
在1740年，耶穌會修士布里杜（Domingos de Brito）曾經製作天主之母教堂埋葬者的清單，而從1638年至1742年間教堂內共埋葬了152人。
在1835年，澳門市政機構曾經把教堂遺址開闢為公共墓地，一直使用至1852年。在1851年，總督基瑪良士（Isidoro Francisco Guimarães）興建聖味基墳場，也就是今天的舊西洋墳場。在新落成後，人們把大三巴牌坊背後的墓地遷往新墳場，但一些更古老的墓地並未發現，於是留在原地，直到1961年被挖掘出來為止。
位於大三巴牌坊背後東側的墓穴（澳門記憶官網圖片）
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