6月初審計署公佈《內港北雨水泵站箱涵渠工程的建設》衡工量值式審計報告，指出內港北雨水泵站箱涵渠的立項方、當時的民政總署在事前規劃上，並未有參照工務局先前做過的研究，採用研究中所建議的二十年一遇降雨強的排澇標準，負責審批工程的工務局，在得悉該工程標準後較研究為低卻未有提出意見，亦未有將要求高標準的研究報告寄予民署，最終使工程的排澇標準不如研究預期。
澳門的跨部門工作常常會被詬病，因為責任主體不夠清晰。天鴿之後政府原來計劃興建的蓄洪池、內港擋潮閘等防洪基建，近幾年來都因為各種緣由，相繼被否決或有可能胎死腹中，沒有了大型基建，負責去水渠網及雨水泵房的市政署，突然成為防澇防災的主力。於是，去水渠網及雨水泵房這類防災基建的建造方是工務局，使用方是市政署。廉署報告指這次的排澇標準降低事件，反映當時市政署及工務局雙方合作過程中各自為政及粗疏大意，因而錯失內港北泵站的優化完善時機，只能靠目前施工的內港南泵站作補救。
廉署報告中提出的問題當然要引以為戒，可是，事件中除了看到政府的長遠規劃、乃至跨部門間的合作協調能力以外，其實也看到政府執行這類工作時本身也有體制問題。工務局做了的研究，為什麼不是約束性意見、不是市政署一定要參照的？如果不用參照為什麼又要做研究？所以，跨部門真的不只是溝通協調問題，為有制度問題。
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