廉政公署就教育發展基金發放學校發展計劃資助展開全 調查，日前公布關於教育發展基金發放學校發展計劃資助之全面調查報告 》，批評教育發展基金制定的「學校發展計劃資助申請章程」存在各種漏洞， 在資助分析、審批、款項發放和監察等各個環節中，教發基金的意識及作為都存在一定的模糊狀況，致使很多能夠預見或預防的不規則情況發生，即使在2015年《審計報告》揭示部分問題後，改善工作仍未全面及到位，教發基金的監察粗疏且流於形式影響管理及監察公帑運用，也從沒主動跟進執行兼收制度，屬行政不當，在執行法定退款機制上甚至明顯行政違法。
立法會第三常設委員會正細則性討論《非高等教育制度綱要法》及 《高等教育制度》的修訂案，將現有的高等教育基金、教育發展基金及學生福利基金三個基金整合為一個自治基金。廉署認為，倘在涉及教發基金的全面調查中所發現的問題沒有被根治，可以預見當三個基金合併之後的問題將會更多，複雜程度恐怕更千絲萬縷、千頭萬緒，故宜抓緊時間先理順眼前亂象。
廉署在報告中建議行政長官勒令教發基金依法辦事，落實教發基金的退款制度和兼收制度等，並須嚴格依法執行不退款的法定後果，還要避免繼續容許」拉上補下」的報銷亂象。
2020年9月底，澳門區某學校發現該校前任正、副校長侵吞了該校向教育發展基金申請的屬2014至2016學校年度「學校發展計劃」的資助，涉及共約2,038萬澳門元資助項目無一實現。廉政公署應行政長官指示，廉政專員命令反貪局及行政申訴局聯合行動， 向全澳70多間非牟利及非高等私立學校過百校部及私人教育機構發放「學校發展計劃」資助的大量文件資料，聽取相關人員的證言及實地視察多項受資助項目，全面審視有關資助的審查及發放機制上所存在的漏洞與不足。
審批申請未按章程 事後監察乏善可陳
廉署指出，教發基金在審批個別申請時，沒有嚴格按照其編制的資助申請章程的規定批出資助，也沒有嚴格執行提交審批文件的特定要求。廉署又發現，對牽涉較高金額的「中/長期計劃」工程及設備資助項目，教發基金的事後監察工作乏善可陳。而在其他非固定資助項目上，教發基金人員在核實獲資助學校提交的報告及證據文件工作錯漏甚多，工作嚴謹度不足。
教青局：接納廉署意見 將完善監察資助退款機制
教育及青年發展局回應廉署調查報告時表示，重視及接納廉政公署《報告》的意見，虛心檢視及致力完善資助工作。同時，關注對基金和學校的行政支援工作，教青局設立專責小組，全面檢視及優化資助審批及執行機制，並結合廉政公署《報告》的意見進一步完善各項改進措施。
廉政公署在調查報告中批評教發基金在執行法定退款機制中存在行政違法。
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